Odată cu victoria Contrareformei în Transilvania, obţinută de Biserica Catolică cu sprijinul Habsburgilor şi ca urmare a restaurării episcopiei romano-catolice la Alba Iulia (1716), s-a impus nevoia unei instituţii formative moderne pentru clerul catolic ardelean. Locul acestei şcoli, chemată să răspundă comandamentelor tridentine ale Reformei catolice, a fost găsit firesc în proximitatea episcopiei latine de Alba Iulia, în noua Cetate de tip Vauban.
Odată cu integrarea Transilvaniei în Imperiul Habsburgic şi după reînfiinţarea episcopiei romano-catolice a Transilvaniei (1716) a început lungul drum al restauraţiei catolice. La jumătatea veacului, Biserica Catolică s-a consolidate suficient în Transilvania pentru a avea un seminar propriu - Seminarium Incarnatae Sapientiae (Seminarul Înţelepciunii Întrupate), fondat la Alba Iulia de episcopul Zsigmond Sztoyka.
Începuturile au fost făcute în noiembrie 1753, cu doi profesori şi cinci studenţi, care locuiau şi îşi desfăşurau activitatea într-una dintre aripile palatului episcopal. La început, orarul institutului cuprindea materiile teologie dogmatică, morală, drept canonic şi istorie ecleziastică, fiecare profesor susţinând zilnic câte două ore de curs. Durata studiilor era de patru ani, iar primele manuale utilizate au fost cele ale lui Paolo Lancelotti, Ferenc Kósa şi Antoine Arnauld.
În anul 1754 episcopul Sztoyka a redactat cele două regulamente ale seminarului, unul pentru profesori, iar celălalt pentru studenţi. Seminariştii nu părăseau Alma Mater nici pe durata vacanţelor de sărbători, ei erau liberi doar în timpul verii, perioadă în care aveau obligaţia de a-şi ajuta parohii în treburile bisericeşti. În celelalte vacanţe, profesorii şi studenţii organizau excursii, drumeţii sau chiar partide de vânătoare. Episcopul le oferea studenţilor şi profesorilor trei mese zilnice zilnic trei mese, vin, bere şi lemne de foc. La prânz şi la cină erau trei feluri de mâncare, iar în zilele de sărbătoare patru, dar prin grija episcopului József Mártonfi (1746-1815) s-a încetăţenit servirea a patru feluri de mâncare în fiecare zi. În spiritul iluminist al vremii sale, episcopul a decis ca meniul profesorilor să fie identic cu cel al studenţilor. La fiecare masă profesorilor li se oferea un sfert de litru de vin, iar studenţii primeau aceeaşi cantitate de bere, aceste cantităţi fiind dublate în zilele de sărbătoare.
În anul 1754 a avut loc prima dispută între studenţii seminarului, cu participarea ilustrului canonic Szeredai Antal Antal Szeredai, unul dintre părinţii istoriografiei ecleziastice din Transilvania. Până atunci participarea la aceste dezbateri putea înlocui examenele scrise, dar Zsigmond Bajtai, succesorul episcopului Sztoyka, a eliminat această derogare, o activitate academică de origine medievală, care a rămas însă un punct de referinţă în viaţa culturală a oraşului. Adesea, alături de studenţi, la dispute participau şi profesorii, iar printre invitaţii de gală se afla şi episcopul Transilvaniei.
În anul 1756 a început construcţia primei clădiri proprii a seminarului, la est de catedrală, pe locul edificiului Ierihon, iar doi ani mai târziu, o fundaţie episcopală punea bazele bibliotecii Institutului Teologic. Episcopul Sztoyka a îmbunătăţit condiţiile de studiu, prin mărirea clădirii seminarului şi înfiinţarea unei fundaţii pentru achiziţionarea de cărţi. Tot el a dotat seminarul cu o grădină, o farmacie, mai multe vii şi o manufactură de bere. Sztoyka a înfiinţat şi prima capelă a institutului, precum şi biblioteca şcolii, înzestrată cu cărţi prin testamentul său (1770).
Episcopul Bajtai a fondat o a treia catedră în 1761, iar cei trei profesori susţineau cursurile de dogmatică şi morală, drept şi istorie, respectiv studiul biblic, fiind de asemenea introdus scabellum-ul (examenul săptămânal). Din 1771 programa seminarului albaiulian a urmat-o pe cea din instituţiile similare ale regatului Ungariei.
Episcopatul lui Batthyány (1780-1798) a coincis cu perioada reformelor lui Iosif al II-lea. Odată cu desfiinţarea ordinelor călugăreşti, în 1778, fosta mănăstire a iezuiţilor din Alba Iulia a devenit clădirea seminarului, iar vechea clădire a şcolii a primit destinaţia de liceu şi locuinţă a profesorilor, decizie care a încurajat mutarea unor clerici de la Cluj la Alba Iulia. Episcopul Ignác Batthyány (1741-1798) a reorganizat consiliul profesoral, care a ajuns la şase membri şi s-a implicat şi în redactarea programei, introducând materii noi, precum liturgica sau limbile greacă şi ebraică, catehetica, omiletica, limba germană, precum şi studiul unei meserii la alegere.
În 1783 seminarul din Alba Iulia a fost închis, iar clădirea sa din apropierea bisericii Báthori a fost destinată unor scopuri militare. Aceeaşi soartă a avut-o şi prima clădire a seminarului, elevii fiind mutaţi la Cluj. În schimb, ca urmare a desfiinţării ordinelor monahale, episcopul Batthyány a obţinut, în anul 1792, biserica şi mănăstirea trinitarienilor, unde a mutat seminarul şi a înfiinţat institutul său ştiinţific.
În vremea episcopului Szepesi Ignác Ignác Szepesy (1780-1838) numărul seminariştilor ajungea la 70-80. Prelatul a adaptat infrastructura şi programa la noile cerinţe ale vremii prin inaugurarea cursului de filosofie pentru iniţierea în studiul teologiei, în cadrul cărora studenţii aflau noţiuni de logică, metafizică, algebră, etică, geometrie, trigonometrie, istorie universală, fizică şi economie rurală. Tot el a introdus examenul de admitere, a adoptat manualele universitare moderne, a iniţiat practica pastorală, cursurile de economie şi limba română, ba chiar a încurajat susţinerea predicilor duminicale de către seminarişti. Episcopul s-a îngrijit şi de baza materială a institutului, impunându-le preoţilor să-şi lase un sfert din moştenire seminarului. Prin noul regulament adoptat se stabileau atât structura conducerii seminarului, cât şi responsabilităţile studenţilor, valabile în linii mari până în zilele noastre. Astfel, programul seminariştilor începea dimineaţa la 5 şi se încheia seara la 9, cea mai mare parte a timpului fiind dedicată rugăciunii şi studiului.
În ciuda evenimentelor revoluţionare de la 1848-1849, care au afectat desigur activitatea seminarului, de remarcat este faptul că episcopul Zsigmond Kovács (1820-1887) a introdus examenele lunare pentru testarea periodică a cunoştiinţelor (L.S.).
